作為水處理構筑物的化糞池，由于設計、施工、使用、管理等方面存在諸多問題，致使化糞池出水各項指標均遠遠超過國家規定的排放標準。其中存在如下幾個問題：
　　1.化糞池施工達不到設計要求，導致處理效果差。有的化糞池嚴重滲漏，污染地下水。并且磚砌池易被酸性腐蝕，造成裂縫、堵塞等，病毒、病菌、有機物不能完全發酵分解，臭氣外溢傳播疾病，玻璃鋼化糞池污水未經凈化污染水源，危害人們健康等一系列環境問題。
　　2.濾池中油污和脂肪堆積。大量的油污和脂肪進入系統，堆積無法處理，堵塞系統，造成污水外溢等問題，既污染環境又危害人們身體健康。
　　3.設施分散，日常管理不到位。致使化糞池長期無人清淘，污泥結在池底，化糞池有效容積日趨減小，變為只過流并不沉淀雜質的檢查井，失去其處理作用。同時由化糞池引發的事故不斷，例如池內氣體噴出灼傷人體、吸糞時發生爆炸；工人下池清渣時窒息死亡等。
　　4.經化糞池處理的污水進入集中污水處理廠，致使二級生化處理中的微生物營養成分的不足，抑制生化細茵的繁殖，降低處理效果。
　　5.施工復雜，造價并不低，施工周期長，維修難度大，使用年限短等。
     當前，全國許多大中城市都在廣泛開展環境整治工作。在污水治理方面，采取了大規模建設污水處理廠、污水截流、河湖清淤、工廠污水達標排放等眾多措施。取得了一定的成效，但是在污水治理的源頭上，需要重新認識玻璃鋼化糞池一個新的問題——老式普通化糞池的更新改造。由于化糞池糞水污染是屬于源頭的污染，如果不大幅度削減這種污染，則其他污水治理措施成效都要大受影響。因此，化糞池的凈化功能，關系著排水管網能否暢通、是否可以杜絕污水外溢造成的環境污染、以及減小惡劣環境對人體健康的威脅、提高管道的使用壽命等一系列與我們的生活息息相關的實際問題。因此，業內人士一直以來沒有放松對老式化糞池更新換代的思考，目前在我國部分城鎮，出現了組裝式化糞池、集成式生物化糞池、生態型化糞池等多種更新換代產品，這種產品基本介于化糞池與無動力污水處理設備之間，作為老式化糞池的更新換代產品，玻璃鋼化糞池又有較好的污水凈化效果。
     隨著社會的發展，科技的進步，從政府到地方、個人環保意識的逐步增強，改進型化糞池也陸續地出現在部分新建住宅小區、學校、企事業單位等較為先進的地方。根據化糞池的作用及其結構特點，展望化糞池的發展方向。